Esnek imalat sistemlerinin faydaları yanında bazı sakıncaları da vardır. Bu sakıncalar şu şekilde sıralanabilir:
 Sisteme tam uyum gösterebilecek yazılım geliştirmek güçtür.
 Sistemde çalışacak personel bulma ve bunları eğitme güçlüğü vardır.
 Otomasyon sonucu personel miktarında azalma olacaktır. Bu personelin tekrar istihdamında zorluklarla karşılaşılabilir.
 Sermayesi yeterli olmadığından sistemi kuramayan işletmeler rekabet gücünü kaybedebilir.
 Sıfır stokla çalışıldığından ekonomik göstergelerdeki dalgalanmalar işletmeyi etkileyebilir.
 Teknolojik gelişmeler işletmeyi sık sık sistemlerini yeniden düzenlemek durumunda bırakabilir.
İmalat sektöründe olduğu gibi günümüzde hizmet üretiminde de esneklik ön plana çıkmıştır. Hizmet üreten işletmeler müşteri isteklerine cevap verebilmek için teknolojideki gelişmelere ayak uydurmak zorundadır. Bu yüzden firmalar tam bir otomasyonla birlikte, taleplerde meydana gelen değişimlere hızla cevap verebilmelidir. Müşteri tercihleri doğrultusunda sunulan hizmetlerde çeşitlilik arttırılmalıdır.